בראש מכון קונפוציוס באוניברסיטה העברית עומדים שני מנהלים: פרופ' יורי פינס, מטעם האוניברסיטה העברית ופרופ' האן שי 韩曦, מטעם אוניברסיטת בייג'ינג. לצדם פועל צוות מנהלי המורכב מתלמידי החוג ללימודי אסיה (יעקב סירוטקין, ישי פרדמן ויהונתן אלקובי).
סגל