בראש מכון קונפוציוס באוניברסיטה העברית עומדים שני מנהלים: פרופ' יורי פינס, מטעם האוניברסיטה העברית ופרופ' ואנג שה-ג׳ואו 王世洲, מטעם אוניברסיטת בייג'ינג. לצדם פועל צוות מנהלי המורכב מתלמידי החוג ללימודי אסיה (צפנת אלון, שרי שולמן ומנהל אתר האינטרנט ועמוד הפייסבוק, יהונתן אלקובי).